O Departamento de Conservação tem como objectivo que os resultados obtidos nos programas de investigação da CIRCÉ cheguem aos accionistas e gestores do meio marinho, para que estes se os possam concretizar em acções de gestão directa, contribuindo para a conservação da biodiversidade. Para alcançar este objectivo, o Departamento fornece a informação necessária para os Catálogos  Nacionales  y  Autonómicos  de  Especies  Amenazadas, para planos de Gestão de Áreas de Interesse Comunitário (LICs), para a Comissão Baleeira  Internacional, para o  "Real Decreto de Protección de Cetáceos", participa também em estudos de Avaliação de Impacto Ambiental, colabora com empresas de observação turística de cetáceos e participa na Carta Europea de Turismo Sostenible del Parque Natural del Estrecho